中小企业电子商务发展问题一、与发达国家相比，我国电子商务发展还存在较大差距
据美国零售联合会（NationalRetailFederation）分支机构Shop.org发布的报告，2006年美国电子商务****额（不包括旅游业务）达1465亿美元，年增长率29％。另据艾瑞公司《2007年中国网络购物报告》数据显示，截至2006年年底，中国B2C和C2C总体交易额合计312亿元人民币;B2B交易额方面，中美之间也有较大差距，中国企业电子商务发展规模仍然偏小。
中小企业电子商务发展问题二、物流支付不成熟
据2007年6月发布的中国《电子商务发展“十一五”规划》数据显示：19家电子认证机构获得电子认证服务许可，近20家商业银行开办电子银行服务，第三方电子支付业务稳步上升。物流专业化、社会化和信息化程度逐步提高。信用信息服务体系建设步伐加快。40余项电子商务和物流标准陆续颁布，标准推广应用工作进一步深化。在取得成绩的同时，我国企业电子商务发展仍然面临一些突出问题。电子认证、在线支付、现代物流、信用、安全防护和市场监管体系建设尚不能适应电子商务快速发展的需要，发展环境有待进一步完善;电子商务标准规范的完整性、配套性和协调性不足，市场适用性需要进一步加强;企业信息化发展不平衡，电子商务公共服务滞后，普及应用水平亟待提高。电子商务在加速经济增长方式转变、提高经济运行效率等方面的促进作用尚未充分发挥。
中小企业电子商务发展问题三、信用缺失
“诚信经营、依法纳税”是企业的生命，中小企业恰恰在这方面有很大缺陷，中小企业主对此认识不足，加之电子商务是在虚拟的环境中进行，也让不法之徒有机可乘，以网上购物为例，根据CNNIC公布的调查报告，将近一半以七的网上购物者和七成以上的商家都有不愉快的经历。网络信用缺失主要表现在对消费者的侵犯、商业欺诈、售后服务没有保障、“假冒伪劣”商品等问题。对不正当的经济利益和商业利润的追求是信用缺失背后的经济根源。此外，社会信用制度不完善、立法滞后也是重要原因。虽然国内的一些知名的电子商务企业率先建设了第三方担保、评级制度等（如阿里巴巴的支付宝、易趣的安付通），但这些制度都存在一些缺陷，例如第三方机构缺乏权威性、不能覆盖所有的企业等。消除电子商务活动中的信用缺失现象，构建电子商务诚信机制，应当是我国企业电子商务发展的重要任务。而社会信用体系建设是一项社会系统，需要各政府部门、地方政府、企业和社会各界的参与。
中小企业电子商务发展问题四、人才缺乏
电子商务对人才的需求有其自身的特点，要求既掌握信息技术又通晓管理、经济理论，具有营销、国际贸易、金融等方面知识的复合型人才。目前的情况是一方面电子商务人才就业难，另一方面企业找不到合适的人才，其中，中小城镇和农村的中小企业人才缺乏尤其严重，由于自然条件的因素，高薪也留不住人，电子商务专业毕业生不愿意去，加之部分中小企业家族观念也容不下人，导致人才缺乏成为中小企业电子商务发展的瓶颈。
中小企业电子商务发展问题五、传统渠道阻力
作为一种新型商务模式，使各种社会经济关系和中小企业的运作方式发生了根本变化，而消化和学习的过程却刚刚开始。例如：实施电子商务以后，传统的市场渠道被改变，产生了与传统渠道争夺客户的问题。由于传统渠道在企业营销中仍然发挥着重大作用，因此中小企业对于渠道冲突的担忧成为全面应用电子商务的阻力。在从事电子商务时，交易伙伴（无论是客户或供应商）的电子商务应用水平参差不齐，导致应用水平较高的企业无法进行电子商务，成为企业电子商务发展的重要障碍。此外，由于一屿中小企业电子商务系统缺乏延伸性和互通性功能，使得利用网络进行****、采购等功能也无法彻底实现。
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